辅致癌因素抗生素的毒性很小，由于β-内酰胺类作用于细菌的细胞壁，而人类只有细胞膜无细胞壁，故对人类的毒性较小，除能引起严重的过敏反应外，在一般用量下，其毒性不甚明显.是化疗指数最大的抗生素。但其青霉素类抗生素常见的过敏反应在各种药物中居首位，发生率最高可达5%~10% ，为皮肤反应 ，表现皮疹、血管性水肿，最严重者为过敏性休克，多在注射后数分钟内发生，症状为呼吸困难、发绀、血压下降、昏迷、肢体强直，最后惊厥，抢救不及时可造成死亡。各种给药途径或应用各种制剂都能引起过敏性休克，但以注射用药的发生率最高。过敏反应的发生与药物剂量大小无关。对该品高度过敏者，虽极微量亦能引起休克。注入体内可致癫痫样发作。大剂量长时间注射对中枢神经系统有毒性(如引起抽搐、昏迷等)，停药或降低剂量可以恢复。

蜂毒肽是迄今为止人类所知的抗炎活性最强的物质之一，其抗炎活性是氢化可的松的100倍，可以抑制20多种革兰氏阴性和阳性细菌的生长繁殖，尤其是蜂毒肽可以抗对青霉素具有耐药性的金黄色葡萄球菌。蜂毒肽还能增强磺胺类和青霉素类药物的抗菌效力，对多种真菌、病毒也具有毒性。它具有类激素样的作用，但无激素的不良反应。蜂毒肽的镇痛作用也十分显著，其对前列腺素合成酶的抑制作用是吲哚镁辛的70倍，镇痛强度为吗啡的40%，镇痛持续时间较长。实验研究证明，全蜂毒、蜂毒肽、神经毒多肽、MCD均能刺激垂体肾上腺系统使皮质激素释放增加而产生抗炎作用。蜂毒肽还能抑制白细胞转移，从而抑制了局部的炎症反应。

蜂毒肽可以作用于神经系统，其对N-胆碱受体有选择性阻滞作用，使中枢神经系统的兴奋传导阻滞，并表现出中枢性烟碱型胆碱受体阻滞作用;蜂毒肽还能抑制周围神经冲动传导。

用蜂毒肽代替蜂毒全毒不仅对辐射有预防作用，而且还有治疗作用。高纯度的蜂毒肽可以明显提高抗辐射效应，而且和全蜂毒比较差别非常明显。蜂毒肽对肿瘤细胞的毒性作用也引起了人们的注意。蜂毒肽具有膜活性，直接对细胞的磷脂膜起溶解作用，抑制细胞发育，对肿瘤细胞有强烈的细胞毒素作用。蜂毒肽分子量小，免疫原性低，不易产生过敏反应;因其是破坏细胞膜而导致细胞的死亡，因此它不用进入细胞，在细胞外即可显示出其破坏肿瘤细胞毒性。澳大利亚联邦科学与工业研究组织(CSIRo)DE Riven博士领导的分子生物学研究小组正在对蜂毒肽的抗癌作用进行研究，他们制造的以蜂毒肽为"弹头"的抗毒素也可对前列腺癌、膀胱癌、乳腺癌产生疗效。《中国医药报》也曾报道，蜂毒素可抑制肝癌细胞的生长、增殖，并且减少增殖细胞中和抗原附性细胞的表达，影响细胞周期的比率，为蜂毒素临床应用于抗肿瘤提供了实验依据。